En réunissant des frères d’origines ecclésiales, culturelles et géographiques très diverses, la communauté a vocation à être un signe d’unité dans l’Église et dans la famille humaine. « Sois parmi les hommes un signe d’amour fraternel. (…) Ne prends jamais ton parti du scandale de la séparation des chrétiens confessant tous si facilement l'amour du prochain, mais demeurant divisés. Aie la passion de l’unité du Corps du Christ. » (La Règle de Taizé)

Avant son arrivée à Taizé en 1940, le jeune étudiant qui allait devenir frère Roger a participé à la première grande assemblée œcuménique de jeunes qui, en 1939, a rassemblé à Amsterdam 1’500 délégués de 70 pays. Dès les débuts de la communauté, des frères contribuent au travail théologique œcuménique, notamment au « Groupe des Dombes » au niveau francophone, et à « Foi et Constitution » au niveau international. En 1960, pour soutenir la préparation du concile Vatican II, un colloque réunit à Taizé des évêques catholiques et des pasteurs protestants.

À partir des années 1960, des jeunes de diverses origines confessionnelles se rendent à Taizé de plus en plus nombreux. Leur présence soutient l’engagement œcuménique de la communauté. De nombreux responsables d’Église viennent prier et échanger avec les frères et les jeunes à l’occasion de visites plus ou moins longues : le pape Jean-Paul II en 1986, le patriarche orthodoxe Bartholomée de Constantinople en 2017, quatre archevêques anglicans de Cantorbéry, l’ensemble des évêques luthériens de Suède ainsi que de nombreux pasteurs et évêques du monde entier.

Les étapes du « Pèlerinage de confiance » animé par les frères manifestent, elles aussi, la passion pour l’unité. Les rencontres en dehors de Taizé, notamment les rencontres européennes à la fin de chaque année, se préparent, dans la mesure du possible, avec tous les chrétiens d’une ville ou d’une région. Les prières communes et l’hospitalité donnent un avant-goût de ce que pourra être l’Église une dans sa grande diversité.

En vue du récent synode sur la synodalité de l’Église catholique, Taizé a proposé et aidé à préparer un « rassemblement du peuple de Dieu » à Rome. La veillée de prière œcuménique « Together » a réuni 18’000 fidèles sur la place Saint-Pierre le 30 septembre 2023, bénis ensemble par le pape François et dix-neufs autres responsables d’Église de diverses confessions.