Reunindo irmãos de origens eclesiais, culturais e geográficas muito diversas, a Comunidade tem a vocação de ser um sinal de unidade na Igreja e na família humana. «Sê entre os seres humanos um sinal de amor fraterno. (…) Nunca te resignes ao escândalo da separação entre cristãos que confessam com tanta facilidade o amor ao próximo, mas permanecem divididos. Tem a paixão pela unidade do Corpo de Cristo.» (A Regra de Taizé)

Antes de chegar a Taizé em 1940, o jovem estudante que se tornaria o irmão Roger participou na primeira grande assembleia ecuménica de jovens que, em 1939, reuniu em Amesterdão 1 500 delegados de 70 países. Desde os inícios da Comunidade, alguns irmãos contribuem para o trabalho teológico ecuménico, nomeadamente no «Grupo de Dombes» a nível francófono, e em «Fé e Constituição» a nível internacional. Em 1960, para apoiar a preparação do Concílio Vaticano II, um colóquio reuniu em Taizé bispos católicos e pastores protestantes.

A partir dos anos 1960, jovens de diversas origens confessionais dirigem-se a Taizé em número cada vez maior. A sua presença sustenta o compromisso ecuménico da Comunidade. Muitos responsáveis de Igreja vêm rezar e partilhar com os irmãos e os jovens por ocasão de visitas mais ou menos longas:  o Papa João Paulo II em 1986, o Patriarca Ortodoxo Bartolomeu de Constantinopla em 2017, quatro Arcebispos Anglicanos de Cantuária, o conjunto dos bispos luteranos da Suécia bem como numerosos pastores e bispos do mundo inteiro.

As etapas da «Peregrinação de confiança» animada pelos irmãos manifestam também a paixão pela unidade. Os encontros fora de Taizé, nomeadamente os Encontros Europeus no final de cada ano, preparam-se, na medida do possível, com todos os cristãos de uma cidade ou de uma região. As orações comunitárias e a hospitalidade dão um antegosto do que poderá ser a Igreja una na sua grande diversidade.

Tendo em vista o recente Sínodo sobre a sinodalidade da Igreja Católica, Taizé propôs e ajudou a preparar uma «assembleia do povo de Deus» em Roma. A vigília de oração ecuménica «Together» reuniu 18 000 fiéis na Praça de São Pedro a 30 de setembro de 2023, abençoados em conjunto pelo Papa Francisco e outros dezenove responsáveis de Igreja de diversas confissões.