Riunendo fratelli di origini ecclesiali, culturali e geografiche molto diverse, la comunità ha la vocazione di essere un segno di unità nella Chiesa e nella famiglia umana. "Che tu sia in mezzo agli uomini un segno di amore fraterno. […] Non rassegnarti mai allo scandalo della separazione fra cristiani che professano così facilmente l’amore del prossimo, ma rimangono divisi. Abbi la passione dell’unità del Corpo di Cristo." (La Regola di Taizé)

Prima di arrivare a Taizé nel 1940, il giovane studente che sarebbe diventato frère Roger partecipò alla prima grande assemblea ecumenica di giovani che, nel 1939, riunì ad Amsterdam 1 500 delegati di 70 paesi. Fin dall’inizio della comunità, dei fratelli contribuiscono al lavoro teologico ecumenico, in particolare al Gruppo di Dombes per i paesi francofoni, e alla Commissione Fede e Costituzione a livello internazionale. Nel 1960, per sostenere la preparazione del Concilio Vaticano II, un colloquio riunì a Taizé vescovi cattolici e pastori protestanti.

Da gli anni '60, giovani di diverse confessioni sono venuti sempre più numerosi a Taizé. La loro presenza sostiene l’impegno ecumenico della comunità. Molti responsabili delle Chiese sono venuti a pregare e condividere con i fratelli e i giovani in occasione di visite più o meno lunghe: papa Giovanni Paolo II nel 1986, il patriarca ortodosso Bartolomeo di Costantinopoli nel 2017, quattro arcivescovi anglicani di Canterbury, i vescovi luterani di Svezia, nonché numerosi pastori e vescovi di tutto il mondo.

Anche le tappe del "pellegrinaggio di fiducia" animato dai fratelli manifestano la passione per l’unità. Gli incontri al di fuori di Taizé, in particolare gli incontri europei alla fine di ogni anno, sono preparati, per quanto possibile, con tutti i cristiani di una città o di una regione. Le preghiere comuni e l’ospitalità anticipano ciò che potrà essere la Chiesa "una" nella sua grande diversità.

In vista del recente sinodo sulla sinodalità della Chiesa cattolica, Taizé ha proposto e aiutato a organizzare un "raduno del popolo di Dio" a Roma. La veglia di preghiera ecumenica "Together" ha riunito 18 000 fedeli in piazza San Pietro il 30 settembre 2023, benedetti da papa Francesco insieme ad altri diciannove responsabili di Chiese di diverse confessioni.