Początkiem drogi Brata Rogera jest pojednanie wewnętrzne. Jezus głosił i okazywał całym swoim życiem miłość Boga do każdego człowieka bez wyjątku. Wiedząc, że Jezus powierzył wspólnocie swoich uczniów misję świadczenia o tej miłości i że przez wieki ta wspólnota podzieliła się na frakcje wzajemnie wobec siebie obojętne albo wrogie, młody Roger zastanawiał się, jak sprawić, by wspólnota uczniów żyła w zgodzie z tym, co jej przekazał Jezus. Wiedział, że pojedynczo nikt nie jest w stanie rozwiązać wszystkich problemów, teologicznych i wszelkich innych, które podzieliły Ciało Chrystusa, Kościół. Równocześnie jednak, ponieważ głoszenie Ewangelii było sprawą niecierpiącą zwłoki, bierność była dla Brata Rogera nie do przyjęcia. Doszedł do takiego wniosku: zacznijmy sami od siebie, poszerzając naszą wizję Kościoła i otwierając się na dary wiary, nadziei i miłości, którymi żyją chrześcijanie należący do innych tradycji.
Dążenia Brata Rogera zakładają wizję Kościoła inną, niż zwykle się o nim myśli. Panuje tendencja, by wyobrażać sobie krajobraz chrześcijaństwa w postaci różnych wyznań istniejących obok siebie. Każde z tych wyznań sądzi, że jest posiadaczem prawdziwego dziedzictwa Chrystusowego. Ta ludzka wizja jest jednak myląca. Dla Boga może być tylko jeden Kościół. Nie należy on do świata konkurencji, jest komunią. Wszystkich, którzy przez Jezusa Chrystusa żyją w komunii z Bogiem, prowadzi to do wzajemnej komunii: „Po tym wszyscy poznają, żeście uczniami moimi, jeśli będziecie się wzajemnie miłowali”, mówi do nas Jezus (Ewangelia wg św. Jana 13, 35).
Tak więc, zamiast wyobrażać sobie Kościół jako wiele różnych grup niepołączonych żadnymi więziami, chodzi o to, by odmienić swoje spojrzenie i zobaczyć Kościół jako coś wyjątkowego, co wciąż podlega budowaniu (zobacz List do Efezjan 4, 15-16). Gdyby każda grupa chrześcijan bardziej urzeczywistniała jeden z aspektów Tajemnicy wiary, czy można by zmierzać do widzialnej jedności nie biorąc pod uwagę darów innych tradycji duchowych? W swoim wezwaniu do pojednania brat Alois wskazuje niektóre z tych darów, jakimi przez wieki żyły Kościoły historyczne. Starając się odkrywać i pogłębiać te dary, każdy człowiek i każda wspólnota przygotowuje bliskość, która sprawi, że Kościół będzie bardziej przejrzysty w głoszeniu Ewangelii, którą powinien przekazywać.
Brat Roger, urodzony w rodzinie protestanckiej, cofnął się do momentu, w którym w XVI wieku doszło do zerwania i nawiązał do wielkiej tradycji katolickiej. Bardzo wcześnie zwrócił także uwagę na skarby wiary Kościoła na Wschodzie. Czyniąc tak, nigdy nie chciał zrywać komunii z kimkolwiek ani stać się znakiem zdrady dla tych, którzy przekazali mu wiarę. Pojęcie „nawrócenia”, rozumianego jako przejście pojedynczego człowieka z jednego wyznania do innego, było mu z gruntu obce. Zawsze szedł za słowami Jezusa „Nie przyszedłem znieść, ale wypełnić” (Ewangelia wg św. Mateusza 5, 17) i właśnie to „wypełnienie” chciał przygotowywać zarówno w swoim własnym życiu, jak i w życiu Wspólnoty, którą założył.
Oczywiście, to pojednanie, zakorzenione w sercu, nie może być zachowane tylko dla siebie. Jeśli Kościół Chrystusowy nie odzyska widzialnej jedności, jak zdoła torować drogi pokoju w świecie wciąż znajdującym się w pułapce konfliktów i podziałów? Brat Roger ze swej strony był przekonany, że ta jedność nie może być tylko owocem porozumień teologicznych lub dyplomatycznych. Jej źródłem jest przede wszystkim modlitwa. W wezwaniu do pojednania brat Alois zachęca wszystkich chrześcijan, by brali udział w „modlitewnym czuwaniu”, raz na miesiąc albo raz na kwartał. W ten sposób podkreśla, że to Chrystus nas jednoczy wzywając, byśmy włączyli się w Jego komunię z Ojcem i Duchem Świętym (zobacz 1 List świętego Jana 1, 3; Ewangelia wg św. Jana 14, 23). Tylko taka komunia zdoła zaoferować rozdartemu światu prawdziwie trwałe pojednanie.